台灣在一九九八年爆發首波腸病毒嚴重疫情，此後腸病毒71型疫情大約以每三至四年為爆發流行週期；原本預期二○一九年至二○二○年會再度爆發腸病毒71型疫情，但受到新冠疫情防疫措施影響，戴口罩、社交距離等改變了台灣腸病毒疫情的流行趨勢。中國醫藥大學附設醫院副院長黃高彬表示，新冠疫後免疫負債尚未還清，造成腸病毒悶燒，去年秋冬疫情持續蔓延，預估今年腸病毒案例恐再創高峰，更擔心多年未流行的兒童殺手腸病毒71型捲土重來，呼籲家長在流行季前帶孩子施打疫苗。

隨著口罩令解除，社區二○二三年開始出現零星病例，二○二四年疫情比前一年更加嚴重。到了二○二五年，隨著孩子的人際互動增加，戶外教學等活動恢復，加上免疫負債問題，疫情仍在持續攀升。去年腸病毒疫情比較特殊，一般來說，腸病毒好發於每年四至六月及九至十月，春夏疫情規模通常較大，進入冬天就會結束。這次秋冬疫情延續至今年初才逐漸減少，可能與免疫負債有關。

黃高彬提醒，免疫負債問題恐怕會持續到今年底，今年腸病毒案例多於去年是可以預期的。腸病毒共有超過百型的病毒，去年秋冬腸病毒社區主要流行克沙奇病毒，不排除今年春天由其他病毒型主導，尤其擔心近年較少見的腸病毒71型可能會突然來襲。