台湾在一九九八年爆发首波肠病毒严重疫情，此後肠病毒71型疫情大约以每三至四年为爆发流行周期；原本预期二○一九年至二○二○年会再度爆发肠病毒71型疫情，但受到新冠疫情防疫措施影响，戴口罩、社交距离等改变了台湾肠病毒疫情的流行趋势。中国医药大学附设医院副院长黄高彬表示，新冠疫後免疫负债尚未还清，造成肠病毒闷烧，去年秋冬疫情持续蔓延，预估今年肠病毒案例恐再创高峰，更担心多年未流行的儿童杀手肠病毒71型卷土重来，呼吁家长在流行季前带孩子施打疫苗。

随著口罩令解除，社区二○二三年开始出现零星病例，二○二四年疫情比前一年更加严重。到了二○二五年，随著孩子的人际互动增加，户外教学等活动恢复，加上免疫负债问题，疫情仍在持续攀升。去年肠病毒疫情比较特殊，一般来说，肠病毒好发於每年四至六月及九至十月，春夏疫情规模通常较大，进入冬天就会结束。这次秋冬疫情延续至今年初才逐渐减少，可能与免疫负债有关。

黄高彬提醒，免疫负债问题恐怕会持续到今年底，今年肠病毒案例多於去年是可以预期的。肠病毒共有超过百型的病毒，去年秋冬肠病毒社区主要流行克沙奇病毒，不排除今年春天由其他病毒型主导，尤其担心近年较少见的肠病毒71型可能会突然来袭。