在进行试管婴儿疗程时，有些夫妻担心是否会对身体造成伤害。其实，试管婴儿疗程的安全性是经过科学实证的，但过程中要预防「卵巢过度刺激症候群（OHSS）」。国健署表示，OHSS是试管婴儿疗程中可能出现的副作用之一，发生时会引起卵巢肿大、恶心、腹泻等症状，严重者亦可能导致腹水、栓塞、肾功能受损。依据一一○年人工生殖施行结果分析报告资料显示，OHSS发生率约为三%，其中大部分为轻症。为降低OHSS的发生机率与风险，建议应与医师充分沟通、按时回诊，并根据个人状况调整治疗计画。

依据一一○年人工生殖施行结果分析报告资料显示，植入单一胚胎之成功率为三十五%，植入二个或三个胚胎之成功率为二十九%～三十二%，两者成功率是相近的。国健署表示，胚胎植入颗数越多，会导致多胞胎妊娠（双胞胎或以上）的机率增加，进而提高孕产妇发生并发症及胎儿早产、低出生体重之风险，所以国际趋势皆鼓励降低胚胎植入数，以维护母婴健康。

另，接受试管婴儿疗程而怀孕的流产机率，与自然怀孕是差不多的，大约为一○%至二○%。发生流产的原因，大多与胚胎本身发育有关，如染色体异常导致的自然流产；而夫妻双方年龄，亦是增加流产风险的因素之一，把握女性在二十五岁至三十五岁之间、男性在四十岁前的黄金生育年龄。

研究指出，试管婴儿长大後的发展与自然受孕无异，而父母的年龄仍是影响胎儿健康的重要因素之一。三十五岁以上孕妇面临更高的流产、早产风险，胎儿出现先天缺陷或低出生体重的情况亦增加；男性四十岁以後，染色体异常率的机率也增加，使精子不易与卵子结合。国外研究发现，四十五岁以上的男性生育可能增加配偶罹患妊娠糖尿病的机率，且可能与宝宝罹患自闭症、躁郁症或思觉失调症等疾病有关。因此，考量母婴健康，适龄生育不论男女都非常重要。

国内相关医疗法规禁止怀孕做性别筛检，除非医疗必要如∶性联遗传疾病，不应进行胎儿性别筛选或性别选择性堕胎；进行人工生殖，亦不得选择胚胎性别，除非基於医学理由，医师不应以任何形式揭露胎儿性别。性别筛检或因选择性别而人工流产都是违法的。