「腦血管疾病」是全世界高居第二位的死因，於九十四年開始已經成為國人十大死因的第四名；腦血管疾病是多種慢性疾病中，造成病人生活功能喪失的主要疾病，大約55%的腦血管疾病生還者可能存在各種輕重程度不等的失能或殘障，不僅對病人個人生命和工作嚴重打擊，而且國家、社會或家庭也都必需付出很大的人力和財力來照顧腦血管疾病的病人，因此對腦血管疾病積極的治療是每位醫師的職責。

高雄榮民總醫院對於腦血管疾病的治療成立了「腦中風中心」，不僅在初期有西醫快速的診斷、對於腦梗塞類型的病人在適當的期限內以血栓溶解劑和先進的血管取栓術治療患者，後續住院的復健照護也都加上了中醫的多元治療，讓患者有更好的全面照護。

高雄榮總傳統醫學科在腦血管疾病的病人住院期間根據「全民健康保險西醫住院病患中醫特定疾病輔助醫療計畫」在發病起六個月內之住院期間，可用健保給付來會診，不用自費治療，為有需要病人減少醫療支出；該科在腦血管疾病的中醫會診每年有超過四千人次的治療，在治療成效上有不錯成績，以「巴氏量表」及「NIHSS」的功能評估上，分數皆有顯著進步；病人一年死亡率及整體死亡率在中西醫共同治療下也有顯著的下降。

腦血管疾病的病人出院後，高雄榮總傳統醫學科承辦「特定疾病門診中醫加強照護計畫」，針對了腦血管疾病自診斷日起二年內之患者進行疾病門診加強照護，依每位病人的病情，擬定的中醫治療方針，提升病人的康復速度與生活品質；對於無法到院門診就醫的腦血管疾病的病人，高雄榮總傳統醫學科有參與「全民健康保險居家醫療整合計畫」，由中醫師至病人家中提供醫療服務，透過中醫藥、針灸、傷外科等治療來緩解病痛。