環境部表示，自民國一百年民間訴求面板廠的廢水排放霄裡溪改排抗議事件以來，環境部著力於跨部門合作，不僅定期召開污染源管制會議，在污染查處防治上更致力於與非政府組織（NGO）建立有效的互信與對話。環境部次長沈志修指出，從與NGO最初的對立到現今的理解合作，因為過程艱辛，所以成果更顯珍貴。

環境部環境管理署透過定期召開污染源管制會議、設立LINE通報群組、環教共識營等多元管道，促進公私部門良性互動。同時也協助NGO增進專業知能，如教導水質檢測技術、現場採樣等實務操作，落實在地共同守護的理念。

自一○二年以來，透過與NGO緊密合作，成功查緝多起環境污染案件，展現跨域治理的具體成效。特別是在新竹縣關西地區的多起廢水污染事件中，便積極拜訪在地環保團體，建立雙向溝通平台、打造協力機制。根據新竹縣政府環保局及桃園市政府環保局提供數據，統計一○七年起，區域跨縣市合作通報聯繫告發共計四十九件，總裁罰金額共計一六六一萬元，促成污染源有效查緝並帶來企業的自律改善。

環管署署長顏旭明表示，自該署成立後，區域環境管理及環境污染防制，已經從管末稽查，接續至污染源頭管理、污染源的輔導及防制設備操作改進，並透過結合民間NGO及公部門的跨域合作，運用科技工具查緝重大環境污染案件。近二年來公私協力污染防制成果斐然，例如利〇公司廢水污染案，除科處罰金新臺幣四五○萬元外，該公司更已投入上億元資金進行廢水處理設備改善，大大提升廢水回收率至七十%以上。一一三年迄今，環保單位未再接獲有關陳情利〇公司廢水污染情形。另峻〇公司在污染查緝後，已申請停工歇業。此外，環管署、新竹縣政府環保局、桃園市政府環保局及在地NGO共同設立LINE群組，一一二年發生新竹關西淨水廠污染案時，由於在地NGO即時通報，促使環管署與新竹縣政府環保局能迅速採取污染應變措施，並查獲污染業者，攜手維護當地生活品質。