环境部表示，自民国一百年民间诉求面板厂的废水排放霄里溪改排抗议事件以来，环境部著力於跨部门合作，不仅定期召开污染源管制会议，在污染查处防治上更致力於与非政府组织（NGO）建立有效的互信与对话。环境部次长沈志修指出，从与NGO最初的对立到现今的理解合作，因为过程艰辛，所以成果更显珍贵。

环境部环境管理署透过定期召开污染源管制会议、设立LINE通报群组、环教共识营等多元管道，促进公私部门良性互动。同时也协助NGO增进专业知能，如教导水质检测技术、现场采样等实务操作，落实在地共同守护的理念。

自一○二年以来，透过与NGO紧密合作，成功查缉多起环境污染案件，展现跨域治理的具体成效。特别是在新竹县关西地区的多起废水污染事件中，便积极拜访在地环保团体，建立双向沟通平台、打造协力机制。根据新竹县政府环保局及桃园市政府环保局提供数据，统计一○七年起，区域跨县市合作通报联系告发共计四十九件，总裁罚金额共计一六六一万元，促成污染源有效查缉并带来企业的自律改善。

环管署署长颜旭明表示，自该署成立後，区域环境管理及环境污染防制，已经从管末稽查，接续至污染源头管理、污染源的辅导及防制设备操作改进，并透过结合民间NGO及公部门的跨域合作，运用科技工具查缉重大环境污染案件。近二年来公私协力污染防制成果斐然，例如利__公司废水污染案，除科处罚金新台币四五○万元外，该公司更已投入上亿元资金进行废水处理设备改善，大大提升废水回收率至七十%以上。一一三年迄今，环保单位未再接获有关陈情利__公司废水污染情形。另峻__公司在污染查缉後，已申请停工歇业。此外，环管署、新竹县政府环保局、桃园市政府环保局及在地NGO共同设立LINE群组，一一二年发生新竹关西净水厂污染案时，由於在地NGO即时通报，促使环管署与新竹县政府环保局能迅速采取污染应变措施，并查获污染业者，携手维护当地生活品质。