1996年台灣首度總統直選，選後掀起整肅異己、宗教掃黑。當時風聲鶴唳，黑函滿天飛、有人逃離國外、有人封山避難、有人被收押入監，太極門也無端被殃及。1996年12月19日台北地檢署侯寬仁檢察官竟發動數百名檢警調人員全副武裝、荷槍實彈，搜索太極門全國12個道館及弟子住所共19處，當日帶走掌門人及數位弟子，隔日（12月20日）聯合報等報紙的頭條新聞竟刊載太極門詐欺31億餘元，涉嫌逃漏稅，揭開假案的序曲。

太極門案歷經10年3個月刑事法院的縝密審理，一、二、三審均獲判無罪，創下社會矚目案件無更審紀錄之首例。最高法院在2007年7月13日判決確定無罪、無欠稅、無違反稅捐稽徵法，並確認敬師禮是贈與性質，依所得稅法第4條第17款屬免稅所得，弟子互助代辦練功服等用品非營利販售。與掌門人夫婦無關，沒有任何欠稅問題。2009年遭羈押的所有被告全部獲得國家冤獄賠償。然而國稅局並沒有依法撤銷衍生自刑案、無中生有的稅單。

太極門案受害者高達上萬家庭，太極門在訴願會、行政法院贏了國稅局18次，所有事證均證實太極門並無欠稅。然而2020年8月21日太極門修行道場預定地卻遭強行拍賣、收歸國有，此事成為震驚國際的人權迫害事件，更是對近年政府積極推動「轉型正義」的一大諷刺，令人震驚！