1996年台湾首度总统直选，选後掀起整肃异己、宗教扫黑。当时风声鹤唳，黑函满天飞、有人逃离国外、有人封山避难、有人被收押入监，太极门也无端被殃及。1996年12月19日台北地检署侯宽仁检察官竟发动数百名检警调人员全副武装、荷枪实弹，搜索太极门全国12个道馆及弟子住所共19处，当日带走掌门人及数位弟子，隔日（12月20日）联合报等报纸的头条新闻竟刊载太极门诈欺31亿馀元，涉嫌逃漏税，揭开假案的序曲。

太极门案历经10年3个月刑事法院的缜密审理，一、二、三审均获判无罪，创下社会瞩目案件无更审纪录之首例。最高法院在2007年7月13日判决确定无罪、无欠税、无违反税捐稽徵法，并确认敬师礼是赠与性质，依所得税法第4条第17款属免税所得，弟子互助代办练功服等用品非营利贩售。与掌门人夫妇无关，没有任何欠税问题。2009年遭羁押的所有被告全部获得国家冤狱赔偿。然而国税局并没有依法撤销衍生自刑案、无中生有的税单。

太极门案受害者高达上万家庭，太极门在诉愿会、行政法院赢了国税局18次，所有事证均证实太极门并无欠税。然而2020年8月21日太极门修行道场预定地却遭强行拍卖、收归国有，此事成为震惊国际的人权迫害事件，更是对近年政府积极推动「转型正义」的一大讽刺，令人震惊！