為促成海洋資源博物館選址花蓮港興建計畫，並突破花蓮國際商港轉型兼具觀光遊憩發展土地使用限制，花蓮分港務公司與花蓮縣政府、海委會及交通部航港局共同合作，辦理都市計畫迅行變更，變更範圍總計廿四點九八公頃，其中港區觀光遊憩發展區位分別變更為「港埠事業遊憩服務專用區」（八點八四公頃）與「港埠事業旅遊服務專用區」（五點二公頃），海洋資源博物館預定地（七點一四公頃），則參照國內有關案例編定為「機關用地（供海洋資源博物館使用）」。

花蓮港務分公司港務長林清富指出，全案依據都市計畫法第廿七條第一項第四款辦理，本月初獲得航港局土地使用同意書後，港務公司已於十一月十一日變更都市計畫書圖，函報花蓮縣政府辦理公開展覽，預計明（一一四）年經花蓮縣都市計畫委員會審議通過後，核轉內政部都市計畫委員會，若順利經內政部都市計畫委員會審議通過發布，將可實質帶動花蓮港各項觀光產業招商契機，港務公司也將積極配合招商進度，啟動內港倉庫群優化整建。

花蓮港務分公司說明，花蓮港此次都市計畫變更納入發展觀光遊憩項目，也依據行政院核定臺灣國際商港未來發展及建設計畫發展定位每五年滾動檢討的機會，將全港區土地分別劃設為「奇萊鼻海岸景觀區」、「綠循環經濟專區」、「物流園區」、「港DONG洄瀾園區」、「13號~16號碼頭水陸遊憩觀光廊帶」、「1號~4號碼頭親水遊憩區」與「砂石專區」等主題發展專區，持續投入相關基礎建設，期能透過明確區塊發展定位，產生群聚效應誘因積極招商，為花蓮地區創造遊憩新亮點，提升港埠營收。