保税货物於存仓期间销售，应依规定开立统一发票报缴营业税，财政部吁营业人自行检视，保税货物於存仓期间有销售与他人，惟未依规定开立统一发票报缴营业税情事者，在未经检举及未经稽徵机关或财政部指定之调查人员进行调查前，尽速主动向主管稽徵机关补报并补缴所漏税款及加计利息，可依税捐稽徵法第四十八条之一规定免予处罚。

财政部北区国税局指出，我国国际贸易蓬勃发展，营业人考量税费负担及货物处理之灵活性等因素，常运用非自用保税仓库及物流中心进储保税货物。课税区营业人如将进储保税区之保税货物於存仓期间销售与他人，系属在中华民国境内销售货物，应依规定开立统一发票交付货物买受人并依规定报缴营业税。

保税货物於申报D2报单（即保税货物出保税仓进口）进口前，存放保税仓库期间如发生销售予保税区或课税区营业人之交易，虽货物仍存置於保税区，并未向海关申报进入课税区或出口者，仍属在中华民国境内销售货物，除属销售与保税区营业人供其营运用之货物，及保税区营业人销售与课税区营业人存入自由港区事业或海关管理之保税仓库、物流中心以供外销货物之情形，得适用零税率并开立统一发票外，应开立应税统一发票交付货物买受人并依法报缴营业税。

该局举例，课税区营业人甲公司於一一三年间自国外进口保税货物并存放於非自用保税仓库内，其於存放保税仓库期间将保税货物销售予其他课税区营业人销售额计七百万馀元，经该局查获其未依规定开立统一发票报缴营业税，除补徵营业税三十五万馀元外，并依加值型及非加值型营业税法第五十一条第一项第三款及税捐稽徵法第四十四条规定择一从重裁处罚锾三十五万馀元。