財政部指出，營利事業因受獎勵免稅或營業虧損，致加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，依所得稅法第一一○條第三項規定，仍應就短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，依同條第一項或第二項規定倍數處罰，但最高不得超過新臺幣九萬元，最低不得少於四千五百元。

高雄國稅局指出，結算申報為決定全年度所得額之主要依據，營利事業如申報不實，將嚴重影響國家稅收，為督促營利事業誠實申報，只要短漏報所得，雖然加計短漏報所得後仍無應納稅額，亦屬違反誠實申報義務，應依前揭所得稅法第一一○條第三項規定處罰。

該局提醒，營利事業辦理所得稅結算申報，應就實際帳載資料正確計算所得額，於申報期限內依法誠實申報，如有因疏忽致短漏報所得額，依稅捐稽徵法第四十八條之一規定，凡屬未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報並補繳所漏稅額及加計利息，免予處罰。

該局舉例，甲公司辦理一一一年度營利事業所得稅結算申報，列報課稅所得額為虧損五百萬元，經查獲當年度漏報所得額一百萬元，雖加計短漏報所得額後仍為虧損而無應納稅額，但依所得稅法第一一○條第三項規定，仍應就其短漏報所得額一百萬元按當年度營利事業所得稅稅率二○％計算之金額二十萬元，依同條第一項規定處二倍以下罰鍰，惟最高不得超過九萬元，最低不得少於四千五百元。