臺南市議會第四屆第六次臨時會進行「先進運輸系統紅線可行性研究」規劃成果同意案審查，其中針對與高雄捷運的接軌規劃以及未來的財政負擔，引發較多討論。市議員黃肇輝認為，未來紅線營運如何吸引人口密集區的市民願意搭乘，甚至高雄民眾也有意願來轉乘將是關鍵。

南市交通局說明捷運紅線從中華東路底銜接捷運藍線後沿省道一號規劃6個站，其中會經過臺鐵南臺南站、臺南機場、都會公園與奇美博物館、最後到嘉藥大學，並在此與未來高雄捷運接軌；而軌道規劃將與藍線銜接，未來從永康大橋到仁德嘉藥可以一車到底。

黃肇輝表示，捷運紅線只有6站，沿線也大多非人口密集區，因此營運初期勢必要以奇美博物館、都會公園、機場等站吸引外區人口有意願搭乘為目標，與藍線銜接後，自然可以吸引永康區、東區民眾搭乘到達，甚至進一步轉搭高捷。但如果要吸引更多民眾搭乘，捷運綠線的進度則更顯重要。

黃肇輝指出，綠線較無爭議的東段有東區、北區及部分永康區潛在搭乘人口，紅線營運的成敗需靠綠線與綠線東延與深綠線接軌的進一步規畫，去年他就已提議新增綠線東延，深入至永康崑山大灣地區並與深綠線接軌，可大幅提升搭乘人數，進一步讓紅線搭乘率增加；除永康廣大人口外，透過綠線東延與深綠線接軌，更可串連新興的南科區人口。

黃肇輝也認為紅線改在R6嘉藥站與高捷銜接並非壞事，因為在臺南境內轉乘，若站體與捷運開發區妥善規劃成為共構商圈，也更能帶來嘉藥大學城發展，吸引高雄前往奇美博物館與機場甚至其他臺南地點民眾轉搭南捷時的經濟效益。