在進行試管嬰兒療程時，有些夫妻擔心是否會對身體造成傷害。其實，試管嬰兒療程的安全性是經過科學實證的，但過程中要預防「卵巢過度刺激症候群（OHSS）」。國健署表示，OHSS是試管嬰兒療程中可能出現的副作用之一，發生時會引起卵巢腫大、噁心、腹瀉等症狀，嚴重者亦可能導致腹水、栓塞、腎功能受損。依據一一○年人工生殖施行結果分析報告資料顯示，OHSS發生率約為三%，其中大部分為輕症。為降低OHSS的發生機率與風險，建議應與醫師充分溝通、按時回診，並根據個人狀況調整治療計畫。

依據一一○年人工生殖施行結果分析報告資料顯示，植入單一胚胎之成功率為三十五%，植入二個或三個胚胎之成功率為二十九%～三十二%，兩者成功率是相近的。國健署表示，胚胎植入顆數越多，會導致多胞胎妊娠（雙胞胎或以上）的機率增加，進而提高孕產婦發生併發症及胎兒早產、低出生體重之風險，所以國際趨勢皆鼓勵降低胚胎植入數，以維護母嬰健康。

另，接受試管嬰兒療程而懷孕的流產機率，與自然懷孕是差不多的，大約為一○%至二○%。發生流產的原因，大多與胚胎本身發育有關，如染色體異常導致的自然流產；而夫妻雙方年齡，亦是增加流產風險的因素之一，把握女性在二十五歲至三十五歲之間、男性在四十歲前的黃金生育年齡。

研究指出，試管嬰兒長大後的發展與自然受孕無異，而父母的年齡仍是影響胎兒健康的重要因素之一。三十五歲以上孕婦面臨更高的流產、早產風險，胎兒出現先天缺陷或低出生體重的情況亦增加；男性四十歲以後，染色體異常率的機率也增加，使精子不易與卵子結合。國外研究發現，四十五歲以上的男性生育可能增加配偶罹患妊娠糖尿病的機率，且可能與寶寶罹患自閉症、躁鬱症或思覺失調症等疾病有關。因此，考量母嬰健康，適齡生育不論男女都非常重要。

國內相關醫療法規禁止懷孕做性別篩檢，除非醫療必要如：性聯遺傳疾病，不應進行胎兒性別篩選或性別選擇性墮胎；進行人工生殖，亦不得選擇胚胎性別，除非基於醫學理由，醫師不應以任何形式揭露胎兒性別。性別篩檢或因選擇性別而人工流產都是違法的。