对於云林县政府提出在国土计画法中增订农业权条文，内政部表示，云林县府将「农业权」与「农业发展权移转（TDR）」混为一谈，是刻意误导农民。如果以云林县府所称的方式贸然推动，反而限制农地未来依照实际需求调整使用的可能性，更将严重影响国家进行重大公共建设、产业发展。内政部呼吁云林县政府，应该依照云林县国土计画版本实际内容，将正确资讯充分告知县民，而非以讹传讹，不断扭曲污名化国土计画法。

内政部强调，国土计画是土地使用的上位指导原则，地方土地的实际使用内容，都可透过各县市政府完整规划进行。国土计画全面施行，不仅强化土地合理运用，保育自然资源避免农地水泥化，也能确实保障民众合法权利。

内政部指出，国土计画法划设的农业发展地区，既未改变农业生产现况，更可依程序改变使用，没有所谓因国土计画造成财产限制损失及特别牺牲。根据国土计画法，农地可在具有规划下变更，但绝非以混淆农业权概念，来做为土地掮客炒作的工具。

内政部说明，农业发展地区如贸然引入发展权移转制度，包括价值计算、农地与可建筑用地转换价值，甚至跨县市转换，都会引起严重争议，很可能重演公设保留地容积移转之乱象，造成不肖掮客低价大量收购农地，反而不利於农业发展，也无法维护农业活动及农民权益。

内政部进一步指出，云林县府先前举办国土计画法说明会，却在会中提出国土计画上路农地会被判死刑、农地永远不能变更等不实说法。内政部再次严正澄清，国土计画实施後，既有合法农牧用地在各种国土功能分区，均可从事农作、产销设施、农舍等使用，兴建农舍也是直接向地方政府申请。在国土计画法机制下，土地免经变更就可申请使用，相较以往更为便捷且省成本。透过国土计画整体性的规划，农一或农二都能纳入变更与发展，让农地被合理运用。