對於雲林縣政府提出在國土計畫法中增訂農業權條文，內政部表示，雲林縣府將「農業權」與「農業發展權移轉（TDR）」混為一談，是刻意誤導農民。如果以雲林縣府所稱的方式貿然推動，反而限制農地未來依照實際需求調整使用的可能性，更將嚴重影響國家進行重大公共建設、產業發展。內政部呼籲雲林縣政府，應該依照雲林縣國土計畫版本實際內容，將正確資訊充分告知縣民，而非以訛傳訛，不斷扭曲污名化國土計畫法。

內政部強調，國土計畫是土地使用的上位指導原則，地方土地的實際使用內容，都可透過各縣市政府完整規劃進行。國土計畫全面施行，不僅強化土地合理運用，保育自然資源避免農地水泥化，也能確實保障民眾合法權利。

內政部指出，國土計畫法劃設的農業發展地區，既未改變農業生產現況，更可依程序改變使用，沒有所謂因國土計畫造成財產限制損失及特別犧牲。根據國土計畫法，農地可在具有規劃下變更，但絕非以混淆農業權概念，來做為土地掮客炒作的工具。

內政部說明，農業發展地區如貿然引入發展權移轉制度，包括價值計算、農地與可建築用地轉換價值，甚至跨縣市轉換，都會引起嚴重爭議，很可能重演公設保留地容積移轉之亂象，造成不肖掮客低價大量收購農地，反而不利於農業發展，也無法維護農業活動及農民權益。

內政部進一步指出，雲林縣府先前舉辦國土計畫法說明會，卻在會中提出國土計畫上路農地會被判死刑、農地永遠不能變更等不實說法。內政部再次嚴正澄清，國土計畫實施後，既有合法農牧用地在各種國土功能分區，均可從事農作、產銷設施、農舍等使用，興建農舍也是直接向地方政府申請。在國土計畫法機制下，土地免經變更就可申請使用，相較以往更為便捷且省成本。透過國土計畫整體性的規劃，農一或農二都能納入變更與發展，讓農地被合理運用。